全面营改增后，建筑企业增值税差额征税的总承包方，应如何进行会计核算？如何开具发票？如何进行预缴增值税和申报增值税？这些问题必须依照税法的规定进行。
一、建筑企业差额征收增值税的分类及其税务处理
1、建筑企业差额征收增值税的分类和条件
根据国家税务总局2016年公告第17号文件的规定，建筑企业差额征收增值税分为两类：
第一类是工程施工所在地差额预交增值税；
第二类是公司注册地差额申报增值税。
其中第一类又分为两种：
（1）一般计税方法计税的总承包方发生分包业务时的总分包差额预交增值税；
（2）简易计税方法计税的总承包方发生分包业务时的总分包差额预交增值税。
第二类只有一种差额申报增值税，即简易计税方法计税的总承包方发生分包业务时的总分包差额申报增值税
2、建筑企业差额征增值税的条件
（1）建筑企业总承包方必须发生分包行为，其中分包包括专业分包、清包工分包和劳务分包行为。
（2）如果是在工程施工所在地差额预缴增值税，则建筑企业必须跨县（市、区）提供建筑服务。如果建筑企业公司注册地与建筑服务发生地是同一个国税局管辖地，则不在建筑服务发生地预交增值税。
（3）建筑企业跨县（市、区）提供建筑服务或建筑企业公司注册地与建筑服务发生地是同一个国税局管辖地，简易计税方法计税的总承包方，只要发生分包业务行为，总承包方都在公司注册地差额零申报增值税。
（4）分包方向总承包方开开具增值税发票时，必须在增值税发票上的“备注栏”中必须注明建筑服务发生地所在县（市、区）、项目的名称。
（5）建筑企业 跨县（市、区）提供建筑服务，在向建筑服务发生地主管国税机关预缴税款时，需填报《增值税预缴税款表》，并出示以下资料：
①与发包方签订的建筑合同复印件（加盖纳税人公章）；
②与分包方签订的分包合同复印件（加盖纳税人公章）；
③从分包方取得的发票复印件（加盖纳税人公章）。
3、建筑企业差额征增值税的税务处理
（1）在工程所在地国税局差额预缴增值税的处理。
根据《纳税人跨县（市、区）提供建筑服务增值税征收管理暂行办法》（国家税务总局公告2016年第17号）第四条、第五条、第七条和国家税务总局公告2016年第53号第八条和《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号）第四条第（三）项的规定，建筑企业 跨县（市、区）提供建筑服务，按照以下规定差额预缴增值税。
第一，一般纳税人的建筑企业总承包方跨县（市、区）提供建筑服务，适用一般计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照2％的预征率计算应预缴税款。计算公司如下：
应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款) ÷(1+11%)×2%
第二，一般纳税人的建筑企业总承包方跨县（市、区）提供建筑服务，选择适用简易计税方法计税的，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。计算公司如下：
应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款) ÷(1+3%)×3%
第三，小规模纳税人的建筑企业总承包方跨县（市、区）提供建筑服务，以取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额，按照3%的征收率计算应预缴税款。
计算公司如下：
应预缴税款=(全部价款和价外费用-支付的分包款) ÷(1+3%)×3%
第四，建筑企业取得的全部价款和价外费用扣除支付的分包款后的余额为负数的，可结转下次预缴税款时继续扣除。
（2）在公司注册地国税局差额零申报增值税的处理。
由于只有简易计税方法计税的总承包方发生分包行为的情况下，才会发生在公司注册地国税局差额申报增值税的情况。而且简易计税方法计税的总承包方在发生分包情况下，在工程所地国税局已经按照3%的税率差额预交增值税，回公司注册地也是按照3%税率差额申报增值税，基于规避重复征税的考虑，简易计税方法计税的总承包方在公司注册地国税局只能差额零申报增值税。
（二）简易计税方法的总分包之间差额征收增值税的发票开具及账务处理
1、会计核算依据：财政部关于印发《增值税会计处理规定》的通知（财会[2016]22号）。
（1）二级科目“简易计税”明细科目，核算一般纳税人采用简易计税方法发生的增值税计提、扣减、预缴、缴纳等业务。
（2）企业发生相关成本费用允许扣减销售额的账务处理。
按现行增值税制度规定企业发生相关成本费用允许扣减销售额的，发生成本费用时，按应付或实际支付的金额，借记“主营业务成本”、“存货”、“工程施工”等科目，贷记“应付账款”、“应付票据”、“银行存款”等科目。待取得合规增值税扣税凭证且纳税义务发生时，按照允许抵扣的税额，借记“应交税费——应交增值税（销项税额抵减）”或“应交税费——简易计税”科目（小规模纳税人应借记“应交税费——应交增值税”科目），贷记“主营业务成本”、“存货”、“工程施工”等科目。
二级科目“预交增值税”科目：核算一般纳税人转让不动产、提供不动产经营租赁服务、提供建筑服务、采用预收款方式销售自行开发的房地产项目等，按现行增值税制度规定应预缴的增值税额。
企业预缴增值税时：
借：应交税费—预交增值税
贷：银行存款
月末企业将“预交增值税”明细科目余额转入“未交增值税”明细科目
借：应交税费—未交增值税
贷：应交税费—预缴增值税
（2）《企业会计准则第15号——建造合同》 。合同成本是指为建造某项合同而发生的相关费用，包括从合同签订开始至合同完成止所发生的、与执行合同有关的直接费用和间接费用。企业应当根据完工百分比法在资产负债表日确认合同收入和费用。但应注意：合同成本不包括在分包工程的工作量完成之前预付给分包单位的款项，但是根据分包工程进度支付的分包工程进度款，应构成累计实际发生的合同成本。即总包应将所支付的分包工程进度款作为本公司的施工成本，与自己承建的工程做同样的处理，以全面反映了总承包方的收入与成本，这与《建筑法》、《合同法》中对总承包人相关责任和义务的规定相吻合。
2、税务处理依据
按照《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）规定，建筑业采用简易计税的情况下，建筑企业总包扣除分包差额计税，即按照(总包额-分包额) ÷(1+3%) ×3%.在工程施工所在地进行预缴增值税和在建筑企业注册所在地零申报增值税。
✦ 案例分析
建筑企业简易计税情况下的总分包业务的会计核算、票据开具
1、案情介绍
山东的甲公司承包了山西一个合同值为1000万元(含增值税）的工程项目，并把其中300万元(含增值税）的部分项目分包给具有相应资质的分包人乙公司，工程完工后，该工程项目最终结算值为 1000万元(含增值税） 。假设该项目属于老项目，甲乙公司均采取简易计税。甲公司完成工程累计发生合同成本500万元.请分析如何进行会计核算？
2、会计核算（单位为：万元）
（1）总包方甲公司的会计处理
完成合同成本：
借：工程施工—合同成本 500
贷：原材料等 500
收到总承包款：
借：银行存款 1000
贷：工程结算 970.88
应交税费—简易计税 29.12
分包工程结算：
借：工程施工——合同成本 300
贷：应付账款——乙公司 300
全额支付分包工程款并取得分包方开具的增值税普通发票时：
借：应付账款——乙公司 300
贷：银行存款 300
同时 ，借：应交税费—简易计税 8.74
贷：工程施工——合同成本 8.74
甲公司确认该项目收入与费用：
借：主营业务成本 791.26
工程施工——合同毛利 179.62
贷：主营业务收入 970.88
工程结算与工程施工对冲结平：
借：工程结算 970.88
贷：工程施工——合同成本 791.26
——合同毛利 179.62
向项目所在地山西国税局预缴税款=（1000-300）÷（1+3%）×3%）=20.38（万元）的账务处理：
借：应交税费——预缴增值税 20.38
贷：银行存款 20.38
借：应交税费——未交增值税 20.38
贷：应交税费——预缴增值税 20.38
3、全额开票，差额计税
发票备注栏要注明建筑服务发生地所在县（市、区）及项目名称。简易计税的情况下，一般预缴税款等于向机构所在地主管税务机关纳税申报的税额。甲纳税申报按差额计算税额：（1000-300）÷（1+3%）×3%=20.38（万元）。
建筑施工采用简易计税方法时，发票开具采用差额计税但全额开票，这与销售不动产、劳务派遣、人力资源外包服务、旅游服务等差额开票不同，甲公司可全额开具增值税专用发票。发票上填写：税额为29.12万元[1000÷（1+3%）×3%]；销售金额为：970.88万元（1000-29.12）。